舰队配置的核心在于平衡输出、防御、防空、修复和载机五种功能。一套完整的舰队应包含这五种定位的舰船，并根据战场环境动态调整。前排优先选择护甲高的装甲型战舰，如奇美拉级巡洋舰或ST59级战列巡洋舰，用于吸收伤害；中后排配置高火力舰船，如艾奥级巡洋舰或卡利斯托级驱逐舰，确保输出效率。防空型舰船如光锥级需根据敌方舰载机数量灵活编入，而维修舰则建议仅在PVE或低强度战斗中使用。
防御型舰船必须部署在前排，中后排则留给输出型舰船。需注意每艘舰船武器的战斗序列，例如斗牛级驱逐舰优先攻击护卫舰和驱逐舰，因此可用红宝石级护卫舰针对性克制。若敌方主力为航母编队，需增加防空无人机或区域防空舰船。指挥值分配需谨慎，大船如战巡或航母虽强但占用过多指挥值，可能导致小船数量不足，反被高机动舰队压制。
舰船选择需结合战略意图与资源消耗。高速驱护舰队适合偷袭和游击，核心为刺水母特种护卫舰和阋神星重炮型驱逐舰，移速800以上可快速包夹敌人。主力舰队则以巡洋舰和战巡为核心，搭配太阳鲸航母提供持续火力。资源有限时优先培养通用型舰船，如KCCPV2.0轻型巡洋舰或CAS066级巡洋舰，其造价适中且能适应多数战场。
前排舰船优先加装甲和闪避，中后排舰船侧重火力和命中率。子型号选择需根据蓝图研究结果调整，例如谷神星级驱逐舰的支援型是顶级维修船，而脉冲炮型星云追逐者则能提供爆发输出。定期重置技术点可应对不同战斗需求，但需避免频繁洗点导致资源浪费。
后期舰队需注重协同作战与战术克制。包夹战术可无视敌方前排直接攻击中后排，因此高速舰队需保持机动优势。对抗重甲目标时，优先选用离子武器舰船如红宝石离子炮型，其无视护甲的特性可有效突破防御。联盟战中，统一分配ST59级战巡增援高战力玩家能最大化战场收益。
