秦时明月手游中的组合系统是游戏策略核心之一，不同组合通过弟子间的缘分与技能联动形成独特战斗风格。高爆发输出组合以荆轲、白凤、墨家巨子为代表，擅长在短时间内造成巨额伤害，尤其适合快速清场或挑战高难度副本。这类组合通常依赖高攻击力弟子与增伤辅助技能的搭配，通过技能链实现爆发性输出，但需注意防御薄弱的问题。控制与输出并存的组合则融合了少司命、大司命等控制型弟子，利用眩晕、沉默等效果限制敌人行动，为后续输出创造机会，在PVP或需要战术调整的关卡中表现突出。
治疗与辅助组合以医仙端木蓉、琴师高渐离为核心，强调持续作战能力。这类组合通过治疗、护盾和增益效果维持队伍生存，适合持久战或需要稳定推进的剧情关卡。其优势在于容错率高，但输出效率相对较低，需合理搭配部分输出型弟子平衡阵容。阴阳家体系组合如月神、星魂、焱妃等，凭借专属技能封眠咒印和暴击加成形成独特流派，技能触发概率高且附带特殊效果，但获取和培养成本较高，通常适合中后期玩家。
屠龙组合与帝国组是后期强势搭配，燕丹、荆轲、残虹盖聂等弟子通过易水别离宏图霸业等组合技实现攻防一体。该体系兼具单兵作战与团队协作能力，弟子缘分覆盖攻击、防御、血量等多维度属性，成型后适应性强。部分组合需依赖特定装备如墨眉、羽刃等激活完整效果，因此在资源分配上需优先确保关键装备的获取。
机关兽与灵兽的搭配能进一步提升组合强度。朱雀可清除负面状态，貔貅增强输出能力，白凤凰提供治疗支援，这些灵兽的选择需与弟子组合特性相匹配。对于控制型组合，优先选择增加速度的灵兽抢占先手；输出型组合则侧重暴击和攻击加成的灵兽。机关兽方面，红色品质碎片需通过活动获取，普通玩家可通过工坊心愿单合理分配资源。
前期建议以易获取的紫蓝卡组合过渡，如隐蝠、黑麒麟等性价比高的弟子；中期逐步向橙卡组合转型时，应优先确保核心弟子如盖聂、张良的培养；后期则需专注阵营体系的完整构建。禁地寻宝、魂魄商店等活动是获取稀有弟子的主要途径，合理规划元宝消耗与资源积累周期至关重要。
